पैलेटाइजिंग रोबोट की नियंत्रण प्रणाली में मुख्य रूप से सॉफ्टवेयर नियंत्रण प्रणाली और हार्डवेयर नियंत्रण प्रणाली शामिल है। आधुनिक पैलेटाइजिंग रोबोट सिस्टम के डिजाइन में, हार्डवेयर नियंत्रण प्रणाली ज्यादातर मॉडर्नाइजेशन के रूप को अपनाती है, और समग्र संरचना वितरित नियंत्रण संरचना को अपनाती है।
ऊपरी कंप्यूटर साधारण औद्योगिक नियंत्रण कंप्यूटर का उपयोग करता है, जो मुख्य रूप से सिस्टम की निगरानी और संचालन प्रबंधन से संबंधित है, जैसे कि शिक्षण बॉक्स नियंत्रण, प्रदर्शन सेवा, समन्वय परिवर्तन, स्वचालित त्वरण और मंदी गणना, आदि। उपयोगकर्ता के आदेश की आवश्यकता के अनुसार और प्रक्षेपवक्र योजना, प्रक्षेप एल्गोरिथम और समन्वय परिवर्तन के लिए क्रिया कार्यक्रम विवरण, मोटर की स्थिति की गणना प्रत्येक अक्ष के लिए की जाती है, और प्रतिक्रिया संकेत और सेंसर सिग्नल के अगले स्तर के अनुसार प्राप्त होती है, निर्णय कार्य कार्यान्वयन और पर्यावरण की स्थिति, और फिर नीचे की ओर प्रत्येक संयुक्त स्थिति का स्तर सर्वो प्रणाली प्रत्येक संयुक्त की गति के समन्वय और नियंत्रण का एहसास करने के लिए, संबंधित स्थिति अद्यतन के एक और सेट बिंदु मूल्यों को प्रसारित करता है।
एक मशीन के तहत डीएसपी कंट्रोलर और पीएलसी प्रोग्रामेबल लॉजिक कंट्रोलर को गोद लेता है, डीएसपी कंट्रोलर को PMAC104 मूवमेंट कंट्रोल कार्ड्स द्वारा अपनाया जाता है, मुख्य रूप से रियल टाइम किनेमेटिक्स कैलकुलेशन, ट्रैजेक्टरी प्लानिंग, इंटरपोलेशन कैलकुलेशन, सर्वो कंट्रोल आदि करना है, लगातार प्रत्येक शाफ्ट एनकोडर पल्स को पढ़ना मात्रा, रोबोट की वर्तमान स्थिति की गणना, और सॉफ़्टवेयर विधि की तुलना किसी दिए गए स्थान से की जाती है, विचलन पीआईडी द्वारा समायोजित किया जाता है, और पीएलसी मुख्य रूप से रोबोट के परिधीय उपकरणों के नियंत्रण से संबंधित है, जैसे रोबोट हाथ पंजा वायवीय चूसने वाला, विभिन्न आसपास के कन्वेयर आदि की निगरानी।